Zeytinyağı, klorofil ve karotenoid gibi doğal pigmentler içerir. Bu pigmentler, yağın yeşil veya altın sarısı tonlarını oluşturur ve aynı zamanda antioksidan özellik taşır. Ancak ışık ve sıcaklık pigmentlerin bozulmasına yol açabilir. Özellikle yeşil renkteki klorofil, yağın tazeliği ve doğal yapısının göstergesidir. Üreticiler, bu pigmentleri koruyabilmek için ışık geçirmeyen ambalajlar kullanır ve ürünlerin saklama koşullarına dikkat eder. Pigmentler, zeytinyağının görsel cazibesini artırır.