Zeytin ağaçları, çeşitli hastalık ve zararlılara karşı hassastır; bunlar hem verimi hem de zeytinyağı kalitesini olumsuz etkiler. En yaygın hastalıklar arasında zeytin kara leke hastalığı, yaprak yanıklığı ve zeytin sineği zararlısı bulunur. Zeytin sineği, meyveleri delerek yağ kalitesini düşürür. Hastalık ve zararlılarla mücadelede biyolojik kontrol yöntemleri, entegre zararlı yönetimi (IPM) ve organik uygulamalar ön plandadır. Sağlıklı zeytin bahçeleri ve doğru bakım yöntemleri, hastalıkların yayılmasını önler ve yüksek kaliteli zeytinyağı üretimini destekler.