Zeytinyağı üretimi sırasında ortaya çıkan atıklar, çevresel açıdan önemli sorunlar yaratabilir. Zeytin posası, su atıkları ve çözünebilir organik maddeler, uygun şekilde işlenmezse çevre kirliliğine yol açar. Modern tesislerde biyogaz üretimi, kompostlama ve su arıtma gibi yöntemlerle atık yönetimi yapılır. Çevre dostu üretim teknikleri, sürdürülebilir tarımı destekler ve doğal kaynakların korunmasına katkı sağlar. Bu alanda yasal düzenlemeler de üreticileri çevre bilinciyle hareket etmeye zorlar.