Zeytinyağı kalitesinin korunmasında şişeleme ve ambalajlama önemli aşamalardır. Koyu renkli cam şişeler, plastik kaplara kıyasla oksidasyonu önleme konusunda daha etkilidir. Ayrıca, metal kutular da oksijen ve ışık geçirgenliği düşük olduğu için tercih edilmektedir. Şişeleme sürecinde hava ile temasın minimize edilmesi, vakumlu sistemlerin veya inert gaz dolumlarının kullanılması kaliteyi uzatır. Ambalaj üzerindeki etiketler ise menşe, kalite sınıfı, üretim tarihi gibi bilgileri içererek tüketiciye güven sağlar. Son yıllarda çevre dostu ve sürdürülebilir ambalaj seçenekleri de popülerlik kazanmıştır.