Üretim aşamaları yalnızca sıkımla bitmez; filtrasyon ve saklama süreçleri de çok önemlidir. Aydın yöresi organik zeytinyağı üreticileri, yağın bulanıklığını gidermek ve raf ömrünü uzatmak için özel yöntemler uygular. Sağlık açısından hiçbir zarar vermeyen bu işlemler, yağın kalitesini artırır. Kullanım yerleri çok çeşitli olan organik zeytinyağı, doğru şekilde saklandığında uzun süre tazeliğini korur. Aydın yöresinde üreticiler, ışık almayan paslanmaz çelik tanklarda depolama yaparak organik üretim yöntemlerine sadık kalırlar.